제주 말로 '아주 깊다'는 의미에서 '만쟁이거머리굴'로 불려온 만장굴은 약 10만년전~30만년전에 생성, 제주도는 180만년전에 형성된 것으로 추정되지만, 1958년에야 당시 김녕초등학교 교사였던 부종휴씨에 의해 발견되어 세상에 알려지게 되었다. 만장굴은 총 길이가 약 7.4km에 이르며, 부분적으로 다층구조를 지니는 용암동굴이다. 인근에 있는, 김녕사굴, 밭굴, 개우젯굴과 애초에 모두 연결되어 있었으나 천장이 붕괴되면서 분리된 것으로 여겨진다. 만장굴의 주 통로는 폭이 18m, 높이가 23m에 이르러, 세계적으로도 큰 규모의 용암동굴이다. 전 세계에는 많은 용암동굴이 분포하지만 만장굴과 같이 수십만 년 전에 형성된 동굴로서 내부의 형태와 지형이 잘 보존되어 있는 용암동굴은 드물어서 학술적, 보전적 가치가 매우 크다.

만장굴은 동굴 중간 부분의 천장이 함몰되어 3개의 입구가 형성되어 있는데, 현재 일반인이 출입할 수 있는 입구는 제 2입구이며, 1km만 탐방이 가능하다. 만장굴 내에는 용암종유, 용암석순, 용암유석, 용암유선, 용암선반, 용암표석 등의 다양한 용암동굴생성물이 발달하며, 특히 개방구간 끝에서 볼 수 있는 약 7.6m 높이의 용암석주는 세계에서 가장 큰 규모로 알려져 있다.

만장굴에는 우리나라 박쥐의 대표 종인 제주관박쥐와 긴가락박쥐가 수 천 마리 씩 거주하고 있다. 박쥐는 모리, 파리 등의 해충을 1시간 동안 100마리 이상 잡아먹는 훌륭한 구충제인데 도시화로 인해 개체 수가 많이 줄고, 현재는 세계적으로도 멸종 위기에 놓여있어 국내 박쥐 최대 서식지인 만장굴의 생태학적 가치는 날로 높아질 전망이다. 다만 만장굴의 입장 가능 구간은 제 2입구에서 약 1km 뿐이어서, 일반인들이 굴 깊숙한 곳에 사는 박쥐를 만나기는 어렵다.